Die Stadt Pécs entstand bereits vor zweitausend Jahren unter dem Namen Sopianae. Die von den Römern gegründete Siedlung wurde gegen Ende des 3. Jahrhunderts zu einem der Verwaltungssitze der Provinz Pannonien.
Pécs entwickelte sich im Laufe der Jahrhunderte zu einer Stadt der Trauben und des Weins, wurde aber auch durch ihre künstlerischen und wissenschaftlichen Leistungen bekannt. Im Jahre 1367 gründete König Ludwig der Große (Nagy Lajos) hier die erste Universität Ungarns, die heute mit ihren 35 000 Studenten und 5000 Lehrkräften ein hohes Ausbildungsniveau bietet.

Pécs ist eine multikulturelle Stadt, die im Verlauf ihrer zweitausendjährigen Geschichte immer Treff- und Schnittpunkt zahlreicher Völker und Kulturen war. Am 31. März 1998 verlieh die UNESCO der Stadt den Preis „Stadt für den Frieden“. Die frühchristlichen Friedhofsanlagen der römischen Stadt Sopianae aus dem 4. Jahrhundert n. Chr. – die sich im heutigen Stadtzentrum befinden – wurden im Dezember 2000 von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt.

Das südtransdanubische Pécs gehört heute zu den größten Städten Ungarns. Mit ihrem mediterranen Klima, der reichen Kultur und dem lebendigen Universitätsleben gehört die Stadt inzwischen zu den beliebtesten Zielen der Touristen, die Pécs als „Stadt der mediterranen Atmosphäre“ auch weit über die Grenzen Ungarns hinaus bekannt gemacht haben.
Mit ihren natürlichen Gegebenheiten und ihrer besonderen Architektur gibt die Stadt ihren Besuchern das Gefühl, als wären sie in der Toskana oder in Lazio. Die zweitausend Jahre alte Kultur, das mediterrane Klima – und vielleicht auch der gute Wein – machten Pécs auch zu einem beliebten Wohnort unter Künstlern. Die Stadt ist das wissenschaftliche, künstlerische und somit auch das musikalische Zentrum der Region.

Das Sinfonieorchester ist der wichtigste Repräsentant der reichen musikalischen und sinfonischen Geschichte der Stadt. Rechtvorgänger des Orchesters war die im Jahre 1811 von dem Zeitgenossen Mozarts und Haydn-Schüler Johann Georg Lickl gegründete Tonkünstler Sozietät, die am 09. Dezember 1811 ihr erstes Konzert gab. Der aus Niederösterreich stammende Künstler hatte bei Joseph Haydn Komposition studiert und war bereits zu Beginn des 19. Jahrhunderts in Wien ein gefeierter Komponist. Der Pécser Bischof hatte dem jungen Meister 1806 eine Stelle im Regenschor angeboten. Lickl siedelte von Wien nach Pécs über und damit begann eine intensive Entwicklung des Musiklebens der Stadt.
Lickl nahm im Laufe der Jahre zahlreiche Wiener Komponisten unter Vertrag und gründete bald das beste Orchester Ungarns. Unter unterschiedlichen Namen gab es in Pécs seitdem immer ein Orchester. In der Mitte der 30-er Jahre des 19. Jahrhunderts kam es zu Aufsehen erregenden Opernaufführungen und das Orchester gab unter dem Namen „Orchester der königlichen Freistadt Pécs“ zahlreiche Konzerte. Dieser Tradition folgend wurde 1871 das Orchester des Pécser Musikvereins gegründet, das bis Mitte des 20. Jahrhunderts die musikalischen Ansprüche des Pécser Publikums erfüllte.

Nach einer vorübergehenden Pause infolge des II. Weltkrieges gab das von György Antal neu gegründete Sinfonieorchester Pécs am 06. März 1951 sein erstes Konzert. Das Jahr 1956 brachte eine entscheidende Veränderung im Musikleben der Stadt: Nachdem die Staatlichen Philharmonie ihre Aufgabe übernommen hatte, begann das zum Teil unabhängige Philharmonieorchester Pécs am 01. September 1956 seine Arbeit.
Der Aufbau eines Orchesters, der im Jahre 1811 begonnen hatte, fand 173 Jahre später seine Erfüllung in der Schaffung einer unabhängigen künstlerischen Einrichtung. Das Pécser Sinfonieorchester wurde 1984 mit 92 Künstlern als unabhängige künstlerische Institution unter der Leitung des Dirigenten Tamás Breitner gegründet.

Träger des Orchesters ist seitdem die Stadt Pécs. Dem Liszt-Preisträger und Verdienten Künstler der Stadt Pécs, dem Musikdirektor Tamás Breitner, und dem Orchesterdirektor Péter Szkladányi ist es in erster Linie zu verdanken, dass das Pécser Sinfonieorchester sich als Profiorchester einen herausragenden Rang unter den Sinfonieorchestern Ungarns erkämpft hat. Tamás Breitner setzte als Theatermusikdirektor neben der klassisch-romantischen Musik von Mozart, Beethoven, Verdi oder Puccini auch gerne Wagner-Opern auf den Spielplan, brachte aber auch Opern des 20. Jahrhunderts und zeitgenössische Stücke auf die Bühne. In seiner pädagogischen Tätigkeit für Orchester und Publikum legte Tamás Breitner als leitender Dirigent besonders viel Wert auf die in- und ausländische Musik des 20. Jahrhunderts und auf Kompositionen zeitgenössischer Komponisten. Das Ungarische Radio bewahrt unzählige Aufnahmen auf, in denen das Pécser Sinfonieorchester Werke ungarischer zeitgenössischer Komponisten unter der Leitung von Tamás Breitner spielt, und auch einige Plattenaufnahmen beweisen das hohe Niveau dieser Aufführungen. Neben den Werken von Debussy, Honegger, Hindemith, Prokofjew, Strawinskij und anderen ausländischen Komponisten können die Namen zahlreicher zeitgenössischer ungarischer Komponisten, deren Musikwerke vom Pécser Sinfonieorchester aufgeführt wurde, genannt werden. Außer dem fast vollständigen Œvre von Bartók und Kodály umfasste das Repertoire des Orchesters die Werke von Ferenc Farkas, Pál Kadosa, Rudolf Maros, Endre Szervánszky, Ferenc Szabó, István Szelényi, Kamilló Lendvay und Sándor Balassa.

Nach 19 Jahren als Stadtmusikdirektor ging Tamás Breitner in Pension, behielt aber die Stelle des Theatermusikdirektors bei. Das Orchester wurde dann ab 01. Januar 1989 von Péter Szkladányi geleitet, jetzt schon in der Funktion eines Direktors. Szkladányi verpflichtete Howard Williams als künstlerischen Leiter und leitenden Dirigenten. Bei seinem ersten Konzert als Dirigent am 02. Oktober 1989 präsentierte sich der aus England stammende Meister mit einem ungarischen Programm: es erklangen die Ouvertüre aus László Hunyádi von Ferenc Erkel, die Ungarische Fantasie von Franz Liszt, das Divertimento von Béla Bartók sowie die Galanten Tänze von Zoltán Kodály. Howard Williams gelang es, dem Orchester eine gewaltige künstlerische Kraft zu entlocken, die bis dahin im Verborgenen geschlummert hatte. Als künstlerischer Leiter des Orchesters wandte sich Williams Konzeption einerseits den Orchesterwerken der Spätromantik zu, andererseits übernahm er eine wichtige Rolle bei der Aufführung von Werken bedeutender ausländischer Komponisten in Pécs. Er war auch aktiv an der Aufführung der Werke zeitgenössischer ungarischer Komponisten (z. B. Balassa, Kalmár) beteiligt. Die Hauptrichtungen seiner Arbeit sind mit den Namen Dvořak, Rachmanyinow, Mahler, Stravinsky und Messian verbunden. Als Anerkennung seiner in Ungarn geleisteten Arbeit erhielt Howard Williams 1993 die Auszeichnung Pro Civitate der Stadt Pécs, und auch das Ungarische Amt für Urheberrechte erkannte seine Leistungen für die moderne ungarische Musik an.

Nach der vierjährigen Tätigkeit von Howard Williams, die einen künstlerischen Durchbruch für das Orchester mit sich brachte, holte Péter Szkladányi in der Person von Nicolás Pasquet erneut einen ausländischen Dirigenten nach Pécs. Der in Uruguay geborene Künstler, der Musikschulen in Deutschland besucht hatte, führte die bereits begonne Arbeit des bewussten Orchesteraufbaus fort. Seine Dirigentenzeit zwischen 1993 und 1996 ist durch hervorragende, auf Workshops aufgebaute Konzerte charakterisiert. Pasquet begann in saisonübergreifenden Konzertreihen Werke von Künstlern aufzuführen, die bis dahin nur selten in Pécs gespielt wurden. Seine Interpretationen von Schostakovics, Bruckner, und Schumann waren von herausragender Qualität. 1994 wurde unter der Leitung von Nicolás Pasquet mit der Einspielung einer Plattenreihe begonnen, die mit ihrer Auflage in Höhe von Einhunderttausend Exemplaren auch den internationalen Ruf des Orchesters begründete. Auf Bitte des Musikverlages Naxos – Marco Polo wurde das gesamte sinfonische Œvre des Komponisten Lajtha László eingespielt und erstmals auf CD veröffentlicht. Nach der Veröffentlichung des Gesamtwerkes von Lajtha wurde das Orchester 1998 für die Verbreitung der ungarischen Musikkultur mit dem Béla Bartók / Ditta Pásztory Preis ausgezeichnet.

Mit Beginn der Spielzeit 1997 wurde erneut Howard Williams aufgefordert, die Orchesterleitung und das Amt des Dirigenten zu übernehmen. In diesen drei Jahren setzte Howard Williams seine Tätigkeit so fort, wie er sie im ersten Zyklus begonnen hatte. Er gab Oratorienkonzerte in der Pécser Basilika, beendete eine Konzertreihe, die alle Konzerte Mahlers umfasste, und dirigierte auch weiterhin regelmäßig Werke zeitgenössischer ungarischer Komponisten. Williams setzte sechs Werke des Komponisten Sándor Balassa auf das Programm, die meisten davon wurden in Pécs uraufgeführt. Auch Musikwerke von László Dubrovay, György Orbán und Zsolt Durkó wurden aufgeführt. Mit dem Rücktritt von Howard Williams wurde die 12 Jahre dauernde Periode der ausländischen Dirigenten in Pécs beendet und mit Zsolt Hamar übernahm ein außerordentlich begabter ungarische Dirigent das Pécser Sinfonieorchester.

Musikdirektor Zsolt Hamar führte beim Eröffnungskonzert des Spielzeit 2000/2001 das Vorspiel zu Wagners Tristan und Isolde, Isoldes Liebestod, das Klarinettenkonzert A-Dur von W.A. Mozart sowie das Concerto von Béla Bártok auf. Das Pécser Publikum empfing den neuen Musikdirektor mit großem Interesse und großer Offenheit. Heute ist er ein gefeierter und respektierter Künstler der Stadt. Die Spielzeit 2003 brachte entscheidende Personalveränderungen an der Spitze des Orchesters. Nach 18 Jahren verabschiedete sich Péter Szkladányi von seinen Führungsaufgaben. Vom 01. Januar 2003 bis zu seinem Tod unterstütze er die Arbeit des Orchesters als Ehrendirektor.Das neue Management – mit Zsolt Hamar als Musikdirektor und Zsolt Horváth als Direktor – begann mit der Umstrukturierung des Orchesters.
Die Pläne wurden von der Stadtverordnetenversammlung der Stadt Pécs gutgeheißen und unterstützt. Seit dem 01. September 2003 arbeitet das Orchester entsprechend der neuen Konzeption mit zwei Ensembles – dem Sinfonieorchester mit 73 Mitgliedern und der Sinfonietta mit 22 Mitgliedern, und erfüllt damit ein breites Aufgabenspektrum. Dazu gehören Konzerte in Pécs und den Städten der Region Südtransdanubien, sowie die Mitwirkung an den Musikaufführungen des Nationaltheaters Pécs. Grundlage für die musikalische Erneuerung und die qualitative Verbesserung sind die Konzeptionsarbeiten der letzten beiden Jahrzehnte und die ausgezeichneten Künstler des Orchesters.

Entsprechend der neu formulierten Ziele übernimmt das Orchester auch eine wichtige regionale Rolle mit Auftritten in Kaposvár, Szekszárd und Osijek. Auch in Budapest verfügt das Orchester inzwischen über eine eigene Konzertreihe. Den neuüberdachten Aufgaben und Zielen entsprechend setzt das Orchester seit dem 20. Jahrestag seines Bestehens am 01. Januar 2004 mit einem neuen Profil und unter neuem Namen – als Pannon Philharmoniker Pécs – seine Arbeit fort.

Nach dem Weggang des Musikdirektors Zsolt Hamar begannen die Pannon Philharmoniker die Saison 2009/2010 ohne künstlerische Leiter. An dem Saisoneröffnungskonzert dirigierte Zoltán Kocsis das Orchester.
Noch im Oktober 2009 wurde Zoltán Peskó zum Musikdirektor und Chefdirigenten der Pannon Philharmonie-Pécs ernannt.